Je partage ici la solution, avec quelques explications, si toutefois ça peut servir à d'autres.
Point de départ
Avec le plugin maven-assembly-plugin, je sais générer un ZIP contenant des dépendances (ou des fichiers).Il me faut un fichier pom.xml contenant le plugin :
Et un fichier assembly-final-classic.xml comme par exemple celui-là pour assembler les dépendances (avec le chemin "libs" dans le ZIP) et les fichiers du répertoire "zip-final" :
